پنیر به کندی جذب بدن می شود و مصرف زیاد آن اشتها را کم می کند. برای کسانی که طبع گرم دارند مفید است و برعکس ضررهای آن برای افراد با طبع سرد بیشتر از خواص آن است. مصرف زیاد پنیر ممکن است باعث نوعی قولنج شدید (کولیت) موسوم به «ایلئوس» شود.
برای رفع بادی که در نتیجه مصرف پنیر در بدن به جود می آید بهتر است عسل بخورید. اگر پنیر تازه را با خرما مصرف کنید کیفیت و خواص غذایی آن بیشتر می شود زیرا خرما مانع از دفع سریع پنیر می شود و آن را برای مدت بیشتری در دستگاه گوارش نگه می دارد و باعث می شود که بدن از آن استفاده بیشتری کند.
باید در نظر داشت که پس از مصرف پنیر از خوردن غذای دیگر اجتناب شود تا تمام آن کاملا هضم شود.
هم چنین پس از مصرف پنیر یا هرگونه لبنیات دیگر نباید آبغوره یا دیگر ترشی جات را مصرف کرد زیرا باعث بریدن پنیر در معده و هضم نشدن صحیح آن می شود.